Datem narození Městského muzea v Krnově je 3. květen 1882, kdy byl k městské radě v Krnově podán podnět k založení muzea, vyřízený záhy kladně. Jednalo se o odraz společenského a kulturního rozkvětu Krnova v druhé polovině 19. století následujícího ekonomický, urbanizační  a civilizační rozvoj města podmíněný rozmachem textilního průmyslu a všeobecným rozvojem českých zemí. Roku 1895 vzniklo v Krnově i muzeum živnostenského spolku. Kolem obou muzeí se pohybovaly tehdejší přední osobnosti města a muzea si nemohla stěžovat na nezájem veřejnosti. Naopak se potýkala s problémem najít adekvátní prostory, což se jako červená nit táhne historií městského muzea v Krnově dodnes. Dočasně se podařilo nalézt vhodné prostory pro obě muzea v klášteře minoritů roku 1911, čímž došlo k jejich sloučení.

 Po vypuknutí I. světové války muzeum přerušilo svou činnost a opět se otevřelo veřejnosti již v Československé republice. V meziválečném období zaznamenalo muzeum velký rozmach, především svých sbírek. Největší zásluhu na tom měl tehdejší dlouhodobý ředitel muzea Ing. Heinrich Kinzer. Veřejnosti sloužilo muzeum i během II. světové války, činnost přerušilo až v roce 1945 s přiblížením se fronty ke Krnovu.

Po válce našlo muzeum nové prostory v budově bývalého sirotčince na Revoluční ulici. Díky novým prostorám obnovilo roku 1950 muzeum svou činnost a nedlouho poté povýšilo na Okresní muzeum. Roku 1960 však byl při územní reorganizaci ČSR zrušen krnovský okres a připojen k okresu Bruntál. Muzeu v Krnově tak nastalo několik desetiletí opakovaných peripetií s hrozbou úplného zrušení a převezení veškerých sbírek do Bruntálu, kdy fungovalo pouze jako personálně silně podhodnocená pobočka. Na lepší časy se začalo blýskat, až když roku 1993 získalo muzeum zpět Město Krnov. Roku 1996 se stalo součástí Městského informačního a kulturního střediska Krnov. Téhož roku se muzeum stěhovalo do vily na Zacpalově ulici, v zimě roku 2012 do někdejšího dělnického domu na Náměstí Míru, přičemž pro výstavní činnost dostalo k dispozici již v srpnu roku 2011 Flemmichovu vilu na Hlubčické ulici. Z provozních a prostorových důvodů  přestěhovalo muzeum v druhé polovině června roku 2016 své sídlo a kanceláře do podkroví Flemmichovy vily. Ačkoliv ani ta není ideálním prostorem pro činnost muzea, skýtá tato modernistická stavba s prvky neoklasicismu z let 1914-17 nesmírný půvab a v současnosti patří mezi nejzachovalejší a veřejnosti nejšíře přístupné vilové objekty v Krnově. V letním období je využíván také zahradní areál vily k různým kulturním akcím.

Sbírky městského muzea v Krnově mají charakter sbírek historických a umělecko-historických provenience převážně místní, regionální a částečně též středoevropské (podrobně v sekci Sbírky a sbírkotvorná činnost). Muzeum se soustředí přednostně na práci se sbírkami a jejich prezentaci veřejnosti formou krátkodobých výstav, propagačních videí a textů na sociálních sítích i publikováním v katalozích a odborných publikacích. Vedle toho se muzeum věnuje také galerijní činnosti, plán výstav každoročně obohacuje o zápůjčky zajímavých výstav od jiných subjektů, pracovníci muzea vyvíjí vlastní výzkumnou činnost v oblasti historie a kunsthistorie Krnova a v neposlední řadě se spolupodílí na kulturním dění v Krnově.